Instalację modułu umożliwiającego obsługę zabezpieczonych skryptów PHP przez ionCube encoder należy zacząć od pobrania odpowiedniej dla swojej platformy wersji modułu. Następnie, należy rozpakować pobrane archiwum, zaś rozpakowane pliki umieścić w dowolnym miejscu na serwerze. Istotnym w zasadzie jest jeden plik - biblioteka ("ioncube_loader_lin_3.0_for_php4.2.so" lub podobnie). Zakładając, że plik umieszczono w katalogu "/usr/lib/php4" w pliku konfiguracyjnym php.ini należy dopisać linijkę:

zend_extension=/usr/lib/php4/ioncube_loader_lin_3.0_for_php4.2.so

lub w przypadku gdy używamy wersji thread-safe:

zend_extension_ts=/usr/lib/php4/ioncube_loader_lin_3.0_for_php4.2_ts.so

Następnie należy uruchomić ponownie serwer WWW (w przypadku wersji CLI lub CGI, zmiana widoczna będzie przy kolejnym wywołaniu PHP). W przypadku Windows należy użyć ścieżek oraz nazw plików odpowiednich dla zainstalowanych w systemie, np:

zend_extension=C:\ioncube\ioncube_loader_win_4.2.dll

Przy instalacji modułu wymagane jest dopasowanie go do wersji php zainstalowanej na serwerze, można to sprawdzić wywołując w przeglądarce stronę phpinfo().

Proszę pamiętać, że PHP dostępne w postaci binarnych paczek (np. *.rpm, *.deb) używa oddzielnych plików konfiguracyjnych dla modułu PHP dla serwera WWW - jest to najczęściej plik /etc/php4/apache/php.ini) oraz oddzielny dla PHP w tzw. wersji CGI - jest to najczęściej plik /etc/php4/cgi/php.ini) oraz oddzielnego pliku dla PHP wywoływanego z wiersza poleceń (tzw. CLI). - jest wtedy /etc/php4/cli/php.ini